I lighed med Pokémon Ruby og Sapphire opnås HM02 Fly kort efter at have ryddet ud det skurkagtige teams Weather Institute; din rival, May / Brendan (afhængigt af din karakters køn) vil udfordre dig til en kamp lidt veje øst for instituttet. Når han er besejret, vil han / hun give dig HM til Fly.